顯微鏡以顯微原理進行分類可分為光學顯微鏡與電子顯微鏡和數(shù)碼顯微鏡。

通常皆由光學部分、照明部分和機械部分組成。無疑光學部分是最為關鍵的，它由目鏡和物鏡組成。早于1590年，荷蘭和意大利的眼鏡制造者已經(jīng)造出類似顯微鏡的放大儀器。光學顯微鏡的種類很多，主要有明視野顯微鏡（普通光學顯微鏡）、暗視野顯微鏡、熒光顯微鏡、相差顯微鏡、激光掃描共聚焦顯微鏡、偏光顯微鏡、微分干涉差顯微鏡、倒置顯微鏡。

電子顯微鏡有與光學顯微鏡相似的基本結(jié)構(gòu)特征，但它有著比光學顯微鏡高得多的對物體的放大及分辨本領，它將電子流作為一種新的光源，使物體成像。自1938年Ruska發(fā)明第一臺透射電子顯微鏡至今，除了透射電鏡本身的性能不斷的提高外，還發(fā)展了其他多種類型的電鏡。如掃描電鏡、分析電鏡、超高壓電鏡等。結(jié)合各種電鏡樣品制備技術(shù)，可對樣品進行多方面的結(jié)構(gòu) 或結(jié)構(gòu)與功能關系的深入研究。顯微鏡被用來觀察微小物體的圖像。常用于生物、醫(yī)藥及微小粒子的觀測。電子顯微鏡可把物體放大到200萬倍。

臺式顯微鏡,主要是指傳統(tǒng)式的顯微鏡,是純光學放大，其放大倍率較高，成像質(zhì)量較好，但一般體積較大,不便于移動,多應用于實驗室內(nèi),不便外出或現(xiàn)場檢測。

便攜式顯微鏡,主要是近幾年發(fā)展出來的數(shù)碼顯微鏡與視頻顯微鏡系列的延伸。和傳統(tǒng)光學放大不同,手持式顯微鏡都是數(shù)碼放大,其一般追求便攜,小巧而精致,便于攜帶;且有的手持式顯微鏡有自己的屏幕,可脫離電腦主機獨立成像,操作方便,還可集成一些數(shù)碼功能,如支持拍照,錄像,或圖像對比,測量等功能。數(shù)碼液晶顯微鏡，最早是由博宇公司研發(fā)生產(chǎn)的，該顯微鏡保留了光學顯微鏡的清晰，匯集了數(shù)碼顯微鏡的強大拓展、視頻顯微鏡的直觀顯示和便攜式顯微鏡的簡潔方便等優(yōu)點。